Sidney Bristow é uma jovem que aparentemente leva uma vida normal, mas na verdade, trabalha como espiã para uma organização secreta chamada SD-6. Sydney geralmente trabalha disfarçada para encontrar artefatos de um cientista/profeta do século XV chamado Milo Rambaldi e uma de suas descobertas - uma profecia de Rambaldi - dita boa parte da trama da série. O detalhe é que a SD-6, tida pela maioria de seus funcionários como um braço da CIA, na verdade faz parte de uma organização criminosa comandada por empresários e ex-agentes da CIA e KGB. Quando Sydney faz essa descoberta, busca ajuda na verdadeira CIA e terá que trabalhar como espiã dupla tendo como tutor um homem que ela mal conhece: seu pai.