Após a épica batalha de Nova York, o mundo mudou. Agora, nada se sabe sobre os Vingadores. Ou sobre as ameaças poderosas que requerem super-heróis para enfrentá-las. Em resposta, Phil Coulson, da S.H.I.E.L.D., reúne uma equipe secreta de elite para encontrar e lidar com essas ameaças em qualquer parte do mundo. O time é formado pelo focado agente Grant Ward, um especialista em combate e espionagem; a agente Melinda May, uma piloto e perita em artes marciais; o agente Leo Fitz, um cientista brilhante, porém um pouco deslocado socialmente; e a agente Jemma Simmons, uma excepcional bioquímica. Eles serão auxiliados pela nova recruta civil Skye, conhecida por sua especialidade como hacker de computadores.