Conhecido apenas pelo numeral romano que lhe foi atribuído, XIII (Stuart Townsend) é um agente hábil e letal com um segredo, que escapa de uma prisão na Europa Oriental com um rosto cirurgicamente alterado e uma identidade entregue a ele por um estranho misterioso. Recrutado para uma organização secreta empenhada em derrubar o governo dos Estados Unidos, XIII não tem memória do seu passado, como ele foi treinado ou por quê. Caçado por uma sombria organização antigovernamental, ele rapidamente percebe que quanto mais perto está de desvendar seu enigma, mais complexa e mais mortal a missão se torna. Embora vivendo em uma conspiração de governo, XIII busca descobrir sua verdadeira identidade a qualquer custo.