A história se passa em um mundo paralelo ao de Fate/stay night onde o Santo Graal desapareceu de Fuyuki misteriosamente depois da Terceira Guerra pelo Santo Graal (Antes dos eventos de Fate/Zero). Após muitos anos em silêncio, os Yggdmillennia, uma família de magos, declara abertamente a sua separação da Associação de Magos e afirmam que eles possuem Graal. Eles resolvem ativar o sistema reserva do Graal, permitindo que 14 servos batalhassem em dois times pelo Santo Graal. Como o evento é de grande importância, o Graal invoca o seu próprio servo para a batalha: o servo Ruler (regente). E isso marca o inicio da Grande Guerra do Santo Graal.