A história se passa em 2138, ano em que um popular jogo online de realidade virtual, chamado Yggdrasil, está prestes a encerrar suas atividades. Líder de uma guilda que no seu auge foi uma das melhores do jogo, Momonga decide ficar logado até o último minuto do último dia; porém, ao dar o horário previsto para o encerramento de Yggdrasil, Momonga não é desconectado do servidor e logo presencia alguns eventos estranhos diante de si, como NPCs agindo como humanos, além de ele próprio estar realmente no corpo de seu personagem, um esqueleto feiticeiro. Como não tinha propriamente uma vida que valia à pena ser vivida, se resumindo ao trabalho, o jovem Momonga decide lutar para dominar esse novo mundo.