Imediatamente após os eventos de Star Wars Episódio II: O Ataque dos Clones, as Guerras Clônicas continuam. Os Separatistas lançam massas de dróides de batalha, enquanto a República tem um arsenal de Soldados Clones para fazer páreo. Obi-Wan Kenobi e seu aprendiz Anakin Skywalker também estão participando das lutas contra o Conde Dooku e seus aliados separatistas, bem como mestres Yoda e Mace Windu.