Steins Gate é sobre um grupo de amigos que personalizaram o seu micro-ondas de modo a conseguirem-no tornar num dispositivo que transmite mensagens para o passado. Enquanto este grupo realiza os seus testes e experiências, uma organização chamada SERN que tem vindo a pesquisar sobre as viagens no tempo descobre o que este grupo de amigos conseguiu fazer, consequentemente o grupo de amigos tem de encontrar uma maneira para evitar ser capturado por esta organização.