Quando criança Murakami era apaixonado por sua amiga Kuroneko, uma garotinha que insistia em dizer que alienígenas eram reais e que já tinha os visto. Quando ela resolve mostrá-lo suas evidencias, um terrível acidente acontece e ela acaba morta e ele gravemente ferido. Anos se passam até que uma garota chamada Kuroha que tem muitas semelhanças com Kuroneko é transferida para a escola de Murakami, ela afirma nunca ter o visto mas ele tem uma sensação que aquela é a sua amiga à muito tempo morta. Contudo, inesperadamente ocorre um acidente e Kuroha Neko, salva Murakami da morte, com poderes que ela afirma serem "mágicos".