Transferido para a Academia Shujin, em Tóquio, Ren Amamiya está prestes a entrar no segundo ano do colegial. Após um certo incidente, sua Persona desperta, e junto com seus amigos eles formam os Ladrões Fantasma de Corações, para roubar a fonte dos desejos deturpados dos adultos e assim recuperar seus corações.