A série começa no universo chamado Era Cósmica. Esta série começa com uma guerra entre a Terra e as colônias espaciais. A linha de enredo é imensa. Em um lado a Aliança Terrestre (EAF em inglês), e no oposto as colônias espaciais que formam uma espécie de nação espacial chamada PLANT e sua divisão militar ZAFT (Aliança do Zodíaco do Tratado de Liberdade). Com novos feitos da ciência na área de engenharia genética, a raça humana classificada agora como "naturais" (Naturals), que são a maioria da população de habitantes da Terra e os geneticamente modificados como "Coordenadores" (Coordinators) que povoaram as colônias espaciais da PLANT. Como na trama da série original, a ZAFT ao descobrir a notícia de desenvolvimento de novos modelos de mobile suits pelo exército dos naturais da EAF, rapidamente invade a colônia espacial Heliópolis pertencente ao país neutro ORB, com o plano de capturar os cinco os 5 protótipos Gundams.