Tomoya Okazaki é um aluno do terceiro ano ressentido com sua vida. Sua mãe faleceu em um acidente de carro quando ele era mais novo, fazendo seu pai cair no vício do jogo e álcool. Várias brigas com seu pai fizeram que ele se afastasse de seu pai. Na escola ele conhece uma garota estranha chamada Nagisa Furukawa que é um ano mais velha que ele, e quase sempre está doente. Eles tornam-se amigos e pouco a pouco sente que sua vida está mudando de direção. Ao decorrer do anime, novos personagens aparecem e cada um dele ostenta um segredo que aos poucos vão sendo solucionados.