Sakurakouji Sakura é uma garota do colegial normal, se não fosse muito bem treinada em vários estilos marciais. Um dia voltando para casa em um ônibus, olha pela janela e vê várias pessoas sendo queimadas vivas por uma espécie de fogo azul, e um garoto no meio do fogo, parecendo não levar dano algum. No outro dia quando retorna ao local, não há cadáveres ou provas de qualquer assassinato, apenas um pequeno incêndio. Quando Sakura chega à escola ela descobre que o garoto que viu no dia anterior é o novo estudante transferido da sua classe. Logo Sakura descobre que ele trata-se de Ogami Rei, o sexto Code:Breaker - Um tipo especial de assassinos que possuem poderes e trabalham para o governo.