Num mundo estranho de espadas, armas, kimonos, celulares e corpos cibernéticos – um Samurai negro, Afro Samurai, busca vingança de um homem chamado Justice que matou seu pai e se tornou o lutador Número Um do mundo. Após Afro ganhar o título de segundo melhor lutador, necessário para enfrentar o primeiro, ele inicia uma jornada solitária rumo a vingança. Ele enfrenta caçadores de recompensa, criminosos e monges fanáticos – todos os quais parecem conhecer o paradeiro do Número Um e cobiçam a posição do Número 2 para si. No caminho também somos apresentados ao companheiro de Afro – o bem humorado Ninja Ninja.