A história de Mortal Kombat Conquest gira em torno de três guerreiros: um monge, Kung Lao (Paolo Montalban), um guarda exilado, Siro (Daniel Bernhardt), e uma ladra, Taja (Kristanna Loken). Numa geração passada, Kung Lao foi vencedor do torneio Mortal Kombat, ao derrotar o Feiticeiro Shang Tsung (Bruce Locke). Diz a lenda que ao vencer o torneio, o Reino da Terra fica a salvo do Imperador de um Reino maligno chamado Outworld. O Imperador desse Reino é Shao Kahn (Jeff Meek). Frustrado pelo fracasso da conquista do Reino da Terra, Shao Kahn ordena agora aos seus súditos invadam o Reino da Terra para matarem Kung Lao, responsável pela derrota de Shang Tsung no torneio e consequente perda da oportunidade de conquista deste reino. Liderados pelo Deus do Raio e do Trovão e Protetor do Reino da Terra, Lord Rayden (Jeff Meek), os três guerreiros e amigos têm de se defender contra os ataques dos guerreiros vindos sob ordem de Shao Kahn e também dos agentes enviados por Shang Tsung.