Após a destruição do Omnitrix original Ben recebe o Superomnitrix, uma versão melhorada do Omnitrix original capaz de evoluir os alienígenas para formas mais poderosas. E ainda na companhia de Gwen e Kevin o trio vai ao longo do tempo encarando inimigos mais poderosos, adquire novos alienígenas e passam por conflitos do dia a dia.