A história se passa num futuro distante e se foca num garoto chamado Yuma Tsukumo. Ele é o bad-boy número 1 na escola dele. Uma coisa estranha acontece quando Ryoga o desafia para um duelo. Quando o misterioso fantasma de Astral aparece para eles, uma nova lenda começa.O anime introduziu uma nova categoria de monstros chamada Exceed Monsters. Estes monstros, assim como os Synchro e fusões, são guardados no Extra Deck. Eles possuem a cor da carta preta.Eles possuem ranks (diferente de levels; monstros exceed não possuem level, e por tanto qualquer efeito referente a level é inútil contra monstros exceed) que são mostrados à esquerda da carta, semelhante à Dark Synchros. Para se invocar um monstro exceed, são necessários 2 monstros cujo número de estrelas (o level) seja igual ao número de estrelas do monstro exceed. Os monstros materiais não são mandados para o cemitério, eles ficam debaixo do monstro exceed.