Inspirado no mangá de Tomonori Inoue, a história ocorre em 2036, 20 anos após uma grande catástrofe nuclear acontecer em Tóquio e tornar a cidade inabitável devido à radiação. Após isso, as forças de defesa criaram uma unidade especial chamada Coppelion, composta por três garotas que, devido aos seus genes, são imunes à radiação. Agora, as três serão mandadas para os destroços de Tóquio para tentar encontrar sobreviventes.