Em 1937, antes da Segunda Guerra Mundial começar de verdade. O tenente-coronel Yuuki do Exército Imperial Japonês forma a "Agência D", uma unidade de inteligência do exército. O exército geral atribui ao tenente Sakuma o trabalho de observar o desempenho da unidade. A Agência D lança uma grande investida para encontrar novos agentes além dos militares japoneses, então Yuuki estabelece princípios à Agência, que vão contra a doutrina do EIJ (Exército Imperial Japonês): "Não matar, não morrer, não ser capturado." Com isso, Yuuki treina sua equipe de agentes que realizam missões contra os poderes nacionais e estrangeiros.