Akai Ito conta a história do fio vermelho invisível que une pelos mindinhos as pessoas destinadas a ficarem juntas para sempre. Quando crianças, Mei e Atsushi se conhecem na frente de uma doceria e acabam descobrindo que fazem aniversário no mesmo dia: 29 de fevereiro. Nos dias atuais, os dois estudam na mesma classe, apesar de não conversarem muito. Mei é uma garota sonhadora, que acredita em simpatias para o amor e gosta há anos de seu amigo de infância Yuya, apesar de nunca ter se confessado a despeito do encorajamento de suas amigas. Atsushi está sendo criado por um sacerdote devido a seus problemas familiares, e como a maior parte do tempo está sério, passa um ar maduro para sua idade. Como o fio vermelho agirá para unir os dois ?