10 anos depois da primeira série animada Inazuma Eleven (Super Onze aqui no Brasil), o sistema de futebol é destruído e os jogos chegam ao ponto de verem os vencedores escolhidos. Um rapaz chamado Matsukaze Tenma adora futebol. No entanto, o futebol é controlado pela Quinto Setor e ele está contra isso. No primeiro episódio, ele quer juntar-se ao clube Raimon, mas à sua chegada uma equipa misteriosa esmaga todo o clube, incluindo a segunda equipe. Então, a segunda equipe parte e Tenma é testado antes de se juntar a ela. Agora, juntamente com os seus amigos, ele e o clube Raimon lutam contra o controle do futebol por parte da Quinto Setor e estão decididos a defender a sua honra no futebol.