Essa série é um "spin-off" de Stargate SG-1. A partir de acontecimentos e descobertas da equipe SG-1, um grupo de humanos é enviado através do Stargate para desbravarem a cidade perdida de Atlantis que pertenceu a raça dos Antigos, os construtores do Stargate. Seguindo uma premissa similar à Stargate SG-1, a história se desenvolve quando os membros da expedição encontram os Wraiths (ou Espectros), raça que derrotou os Antigos dez mil anos atrás.